La gran obra del Padre Joaquín en Lota fue la construcción e instalación del Colegio de Niñas Santa Filomena. Una Escuela Católica de Niñas era una necesidad que se hacía sentir desde mucho tiempo. El Padre Casimiro Había pensado llevar a efecto esta obra y con este fin había comprado en 10,000 pesos un amplio terreno ubicado en pleno centro de la ciudad, con 60 metros de frente en la calle Comercio y 40 metros de frente en la calle Monsalve.
En este mismo lugar el día de San Miguel, 29 de Septiembre de 1913, a las 12 h., el Padre Joaquín bendecía solemnemente la primera piedra de futura Escuela de Niñas. Durante cinco años esta construcción casta será la preocupación dominante del Padre Cura.
Sólo Dios sabe sus desvelos para encontrar el dinero que necesitaba para la construcción. Todos los años le dedicaba las pequeñas economías de la comunidad y estas, unidas a las ofrendas que recibía de la generosidad de la familia Cousiño- Lyon le permitían levantar cada año una parte de su establecimiento.
La comunidad guarda una profunda gratitud para con estos bienhechores insignes que fueron especialmente la familia Cousiño, D. Carlos Cousiño, D. Ricardo Lyon y Señora Loreto
Cousiño de Lyon y también la Compañía Minera Industrial de Chile. Vayan a ellos desde estas humildes líneas el homenaje sincero de sus agradecimientos.
        En el año 1917, la casa estaba a punto para recibir alumnas y maestras. Cuando llegó la buena noticia de Buenos Aires de que el Padre José Maubon, Visitador, había tenido éxito en sus gestiones y que las religiosas francesas del Niño Jesús de Aurillac aceptaban la fundación del Colegio de Lota, el corazón del buen Padre se llenó de júbilo.
         Con entusiasmo se apresuró a terminar los últimos arreglos y fue para él una gran dicha cuando pudo hacer entrega del Colegio a la Reverenda Madre Camila, primera Superiora llegada a Lota el 2 de Febrero de 1918 con las Hermanas: Ildefonso, María Agustín, Pilar y Juana. Las religiosas fueron recibidas en la estación por los Padres de la Parroquia y una muchedumbre jubilosa y entusiasta.
Las Religiosas del Niño Jesús no olvidarán jamás, escribe la Madre Manuela, la tierna solicitud del R.P. Joaquín, quien desde la primera noche les procuró la incomparable dicha de hospedar en su nueva casa a Jesús Sacramentado.
        Cuán profunda emoción experimento la pequeña Comunidad ante la exquisita delicadeza del bondadoso Padre. Aún resuenan dulcemente a sus oídos las palabras que pronunciara aquel santo sacerdote apenas hubo cerrado la puertecilla del sagrario. - "Mes soeurs je vous laisse avec le bon Dieu - Puissiez vous faire beaucoup de bien a Lota”. Hermanas os dejo con el buen Dios, haga el cielo que realicéis mucho bien en este pueblo de Lota.
La existencia del colegio se debe en gran parte a la tenacidad del buen sacerdote y a sus desvelos para encontrar los recursos necesarios para llevarlo a feliz término. Qué alegría no debió experimentar su corazón en este día en que a principio de marzo vio su establecimiento abrir sus puertas y llenarse en pocos días de gran números de niñas de toda condición, que venían a cobijarse bajo a las alas protectoras de las celosas religiosas del Niño Jesús, Y aprender de ellas junto con las letras y ciencias profanas esas enseñanzas divinas del catecismo que forman almas cristianas y virtuosas y las preparan para las luchas de la vida.
No habían transcurrido muchos meses cuando numerosas familias acomodadas del pueblo solicitaron de las Madres la formación de una sección nueva, mediante una retribución mensual. Después de haber estudiado detenidamente el asunto, las Rdas. Madres aceptando el recargo de trabajo que la nueva organización traería consigo, resolvieron dar satisfacción a la petición de las familias y junto con la escuela gratuita empezó a funcionar la sección colegio. El éxito del establecimiento estaba asegurado desde un principio. El primer año fue todo un triunfo y los años siguientes continúo progresando cada vez más, llegando a más de 400 las alumnas en los últimos años.
De acuerdo con la Madre Camila, el Padre Joaquín fundó en 1919, la Congregación de las Hijas de María. Un grupo de veinte jóvenes se alistaron en las filas de este batallón escogido y formaron la elite de la juventud femenina de Lota.
Ya estaba lleno de vida el Colegio Santa Filomena de Lota y su fundador después de 17 años de labor intenso en su amada Parroquia de Lota. Como se había terminado la obra de tantos años de trabajo y que se había cumplido su tiempo en el cargo de Superior de Lota, pidió el Padre Joaquín licencia para hacer un viaje a su patria y en vista de sus méritos se le concedió el favor que solicitaba.